En 1980, Mgr Rubén Buitrago Trujillo, troisième évêque de Zipaquirá, a demandé à la Province du Canada de la Compagnie des Prêtres de Saint-Sulpice de fonder un premier séminaire dans son diocèse. En acceptant cette invitation, la Province du Canada a nommé comme premier recteur Monsieur Alfredo Botero Maya, p.s.s., qui a assumé en janvier 1981 la direction du Séminaire avec une équipe composée de Sulpiciens et de prêtres du diocèse.

Pendant la première année, le Séminaire accueillait 28 séminaristes et il en atteignait environ 130 vers la fin des années 1990. Les recteurs ont été Messieurs Carlos Ballén, p.s.s. (1987) et Manuel Bautista, p.s.s. (1994).

Le Séminaire fut dirigé par les sulpiciens pendant 18 ans, jusqu'à la fin de l'année 1999. Par la suite, les prêtres du Diocèse de Zipaquirá assureront la direction du Séminaire.

En décembre 2007, le Conseil provincial a accepté de répondre à une demande du nouvel évêque, Mgr Héctor Cubillos, d'une collaboration ponctuelle avec le diocèse de Zipaquirá. Le Conseil provincial a nommé Monsieur Hernando Chitiva, p.s.s. comme recteur à partir de janvier 2008. En juin 2009, son équipe était composée d'un candidat sulpicien et de six prêtres du diocèse.