En 1980, Mgr Rubén Buitrago Trujillo, troisième évêque de Zipaquirá, a demandé à la Province du Canada de la Compagnie des Prêtres de Saint-Sulpice de fonder un premier séminaire dans son diocèse. En acceptant cette invitation, la Province du Canada a nommé comme premier recteur Monsieur Alfredo Botero Maya, p.s.s., qui a assumé en janvier 1981 la direction du Séminaire avec une équipe composée de Sulpiciens et de prêtres du diocèse.

Pendant la première année, le séminaire accueillait 28 séminaristes et il en atteignait environ 130 vers la fin des années 1990. Les recteurs on été Messieurs Carlos Ballén, p.s.s. (1987) et Manuel Bautista, p.s.s. (1994).

Le Séminaire fut dirigé par les sulpiciens pendant 18 ans, jusqu'à la fin de l'année 1999. Par la suite, les prêtres du Diocèse de Zipaquirá assureront la direction du Séminaire.

En décembre 2007, le Conseil provincial a accepté de répondre à une demande du nouvel évêque, Mgr Héctor Cubillos, d'une collaboration ponctuelle avec le diocèse de Zipaquirá. Le Conseil provincial a nommé Monsieur Hernando Chitiva, p.s.s. comme recteur à partir de janvier 2008. Depuis janvier 2011, M. José María Castro, p.s.s., à titre de nouveau recteur, assure l’animation du séminaire. L’équipe de formation est composée de six prêtres du diocèse.

L'équipe des formateurs du Séminaire de Zipaquirá (2010).

Au début de l'année académique 2009, le Séminaire accueillait 57 séminaristes (56 pour le Diocèse de Zipaquirá et un pour la Fraternité sacerdotale). Les séminaristes internes (54) sont regroupés en trois cycles : propédeutique (14), philosophie (19) et théologie (21). Il y a aussi trois séminaristes en année pastorale.

La communauté du Séminaire de Zipaquirá (2010).